Moduły systemowe skompilowane dla konkretnego systemu operacyjnego nie będą
działać po przeniesieniu aplikacji do innego systemu operacyjnego. Niektóre
platformy przetwarzania w chmurze mają ograniczoną liczbę dostępnych opcji
systemu operacyjnego i należy wziąć pod uwagę użycie modułów systemowych lub
biblioteki DLL. Ta reguła powoduje oznaczenie flagą wywołań metody
java.lang.System.loadLibrary.
W przypadku migracji do innego systemu operacyjnego również moduł systemowy będzie wymagać migracji do docelowego systemu operacyjnego. Można również rozważyć zmodyfikowanie aplikacji w taki sposób, aby w zamian użyć przenośnego rozwiązania Java.