A dokumentáció Programozási modell API-k és specifikációk cikkében leírtak szerint a WebSphere Application Server a következő Java EE szinteket támogatja:
A nem támogatott vagy nem megadott verziószámú alkalmazások az alkalmazáskiszolgáló által támogatott legújabb verziószám szinten fognak futni.
Az 5.0 application.xml fájllal rendelkező alkalmazások 1.4 verziószámú alkalmazásként lesznek kezelve WebSphere Application Server 6.1 kiszolgálókon. Ugyanezt az alkalmazást azonban a WebSphere Application Server 7 változata 5.0 alkalmazásként kezeli. Az alkalmazás verziószámának ezen változása nem kívánt változásokat okozhat a viselkedésben.
Az egyik konkrét probléma, hogy a WebSphere 6.1 az Alkalmazáskötéseket az xmi formátum használatával állítja elő. A Java EE 5 változatú alkalmazások a kötéseket és kiterjesztéseket xml formátumbvan várják el. Amikor Java EE verziószámmal ellátott alkalmazást (amelynek látszólagos gazdagép információit az ibm-web-bnd.xmi fájl tárolja) WebSphere 7 változatra próbálnak meg átállítani, a telepítés meghiúsul, mert a WebSphere v7 vagy újabb változata a látszólagos gazdagép információkat az ibm-web-bnd.xml fájlban keresi és ebben a példahelyzetben az xml fájl nem létezik. Ha az alkalmazás 1.4 változatú, akkor az xmi továbbra is hibátlanul beolvasásra kerül.
A másik meghibásodási példahelyzet, amikor a 7 vagy újabb verziószámú telepítéskezelő nem engedi meg a Java EE alkalmazások telepítését olyan csomópontra, amely nem támogatja az alkalmazás megadott Java EE szintjét. Ez azt jelenti, hogy 6.1 vagy korábbi csomópontjai vannak a topológiában 7.0 vagy újabb telepítéskezelővel, akkor lehet, hogy pontosan ugyanazt az alkalmazást nem lehet telepíteni azokon a csomópontokon, ahol korábban futott.
Amikor 6.1 vagy régebbi változatról tér át, az alábbi tartalmú application.xml megjelölésre fog kerülni:
Az alkalmazás verziószámát 1.4-re kell módosítani. Az automted javítás módosítja a verziót és a sémainformációkat a következő példában félkövérrel szedett módon:
A különböző WebSphere Application Server változatokon támogatott Java EE előírás-szintekkel kapcsolatos további információkért lásd: Programozási modell alkalmazásprogramozási felületei és specifikációi.